Thánh Phanxicô sinh tại Assisi, miền Umbria, năm 1181. Ông Phêrô Bernadone là một thương gia giầu có, lúc sinh ra thánh nhân, ông đang ở Pháp, nên đã đặt tên cho Ngài theo tên quốc gia này. Thời thơ ấu, thánh nhân chịu ảnh hưởng nhiều bởi người mẹ nhiệt thành và khả ái. Ngài tỏ ra vui vẻ, mạo hiểm, quảng đại và bình dân. Dầu được chuẩn bị để theo nghề buôn bán như cha, Ngài vẫn thường mơ ước trở thành hiệp sĩ.
Xem phim về Ngài:
Thánh Phanxicô Khó Khăn – Brother Sun, Sister Moon
Phanxicô và Clara – Clare and Francis
Năm 1201, Phanxicô tham gia cuộc chiến ở Perugia và bị bắt tù một năm. Kinh nghiệm đau xót này cùng với cơn bệnh ngặt nghèo là khởi đầu cuộc trở lại của Ngài. Dầu vậy, năm 1205, Ngài vẫn còn tham dự vào cuộc viễn chinh tại Apulia. Trong một giấc mơ, Phanxicô được Chúa Kitô mở lời kêu gọi phục vụ Người. Ngài trở về và hiến mình chăm sóc các bệnh nhân.
Ngày 16 tháng 4 năm 1206, Phanxicô lại nghe tiếng Chúa Kitô kêu gọi Ngài tái thiết đền thờ thánh Damianô. Luôn mau mắn và tận tâm, Phanxicô đã từ bỏ đời sống cũ và chấp nhận sống như một ẩn sĩ. Khi bị cha bỏ tù, rồi dẫn đến đức giám mục như một đứa con bất phục, thánh nhân đã từ khước mọi quyền lợi lẫn của cải, cả đến áo quần đang mặc nữa.
Hai năm sau, có lẽ vào ngày 24 tháng 2 năm 1209, Ngài nghe đọc đoạn Tin Mừng Mt 10,9 và thấy mình được ơn gọi đi rao giảng sự thống hối. Đây là giây phút quyết liệt. Thánh nhân cởi bỏ tu phục ẩn sĩ, mặc áo vải thô, thắt giây lưng và bắt đầu rao giảng Chúa Kitô. Có hai người bạn đi theo, Ngài cho họ một bản luật gồm ba câu thánh kinh Mt 20,21; 10,9 và Lc 9,23. Khi con số môn sinh lên tới 11, Ngài viết cho họ một bản luật vắn (bản Primitiva, nay đã thất lạc), và dân họ tới Roma để được Đức Giáo hoàng phê chuẩn.
Đức giáo hoàng Innocentê III, sau phút ngập ngừng, đã nhận ra nơi người giáo dân ngay thật và nhiệt tình này một tông đồ chân chính, và ban lời chuẩn nhận (tháng 6 năm 1210). Nhóm huynh đệ trở về Assisi. Họ sống trong những chiếc chòi ở Rivetortô. Gần Porziuncola và rao giảng sư thống hối trên khắp nước Ý. Đầy đơn sơ, họ làm đủ mọi việc và sống bằng nghề ăn xin. Chính sự đơn sơ như thiên thần của Phanxicô mà họ coi là hiền huynh và hiền mẫu, là gương sống hứơng dẫn họ trên đường thiêng liêng. Chưa có một tổ chức nào cả, với phép của Phanxicô, họ đi khắp nơi, như các anh em thống hối nghèo miền Assisi.
Năm 1212, Phanxicô khích lệ Clara, một thiếu nữ danh giá trong thành phố, thiết lập nhóm chị em sống đời nghèo khó và cầu nguyện ở nhà thờ thánh Damianô. Họ đã trở thành các bà nghèo khó và ngày nay gọi là các nữ tu Clara.
Không bao giờ Phanxicô muốn lập một “Hội dòng”. Ngài chỉ muốn theo Chúa Kitô trong các sách Tin Mừng một cách hoàn toàn đến từng chữ viết. Dầu vậy, nhóm huynh đệ đã theo một hình thức tu dòng nào đó. Họ đọc kinh nhật tụng, ngủ và ăn chung như các tu sĩ. Khi nhóm huynh đệ đã tăng số cách lạ lùng, mau chóng, Phanxicô phải ủy quyền cho các người lãnh đạo mà Ngài gọi là “Hiền mẫu” hay là “tôi tớ” của các nhóm. Hàng năm các anh em họp nhau một lần tại Porziuncola.
Năm 1216, Phanxicô tham dự đám táng Đức Giáo Hoàng Innocentê III và được Đức Honoriô IV ban ân xá cho thánh đường Perziuncola. Năm sau, Ngài được cảm tình của đức Hồng y Ugôlinô, là đấng sẽ trung tín bảo trợ Ngài mãi về sau.
Năm 1219. Nhóm huynh đệ tăng số đông đảo và phải chia thành nhiều tỉnh dòng. Cánh đồng truyền giáo đầu tiên của nhóm vượt qua rặng núi Alpes.
Chính Phanxicô, bất chấp những cân nhắc khôn ngoan, đã bỏ nước Ý để tham gia thập tự quân và đã đến gặp Sultan. Trong khi Ngài vắng mặt, nhóm huynh đệ gồm nhiều học viên mới, có học thức và thuộc hàng giáo sĩ, họ như con thuyền không lái và rơi vào cuộc khủng hoảng. Vấn đề chỉ giải quyết xong khi kêu mời Phanxicô trở về, nhờ tài khéo léo của Đức hồng y Ugôlinô, và nhóm phải chọn một khuôn mẫu thông thường của đời sống tu trì.
Trước sức ép liên tục, bây giờ Phanxicô phải viết một bản luật chi tiết hơn (bản Regula Prima) dầu vậy, bản luật này vẫn còn quá đơn sơ và đòi hỏi các người lãnh đạo mới của cộng đoàn về đàng thiêng lêng. Sau khi sửa lại, bản luật mới này được đức giáo hoàng Honoriô III chấp nhận năm 1223 (bản Rehula Secunda hay Bullata nay vẫn còn được xử dụng) Trong khi đó, Phanxicô trở nên yếu đau và lo âu. Ngài trao quyền quản trị nhóm huynh đệ cho người đại diện. Từ năm 1221, anh Elia đầy bí nhiệm đảm nhận chức vụ.
Chính Phanxicô lại lui vào trong núi. Ngày 14 tháng 9 năm 1224, sau một thời sống ẩn dật, Ngài đã được Chúa Kitô in dấu. Từ đây, bệnh tình Ngài tăng thêm và trở nên mù lòa hầu như hoàn toàn. Ngài được bốn anh em trung tín mang đi đây đó. Có lẽ vào năm 1224, Ngài đã viết “bài ca mặt trời”. Năm 1226, Ngài viết chúc thư (testament) long trọng nhấn mạnh đòi buộc sống nghèo khó tuyệt đối, vâng lời luật dòng đến từng chữ viết và từ khước mọi đặc ân.
Ngày 02 tháng 10 năm 1226, sau khi viếng thăm Clara cùng các nữ tu và chúc lành cho thành Assisi, Ngài từ trần tại Porziuncola. Hai năm sau Ngài được bạn cũ là Ugôlinô bấy giờ là ĐGH grêgoriô IX tôn phong lên hàng hiển thánh. Năm 1228, xác Ngài được dời về mai táng tại đại giáo đường do anh Elia xây cất.